La Real Chancillería dictó su fallo el 13 de julio del mismo año, después de muchas conversaciones entre ambos Obispados e interviniendo incluso la Nunciatura Apostólica. La sentencia dictada ordenaba: "que todos los diezmos que produjesen dichas tierras -de Alazores-, y fuesen del cargo de sus labradores se habían de hazer 5 partes, en cada un año, llevando las tres el Rdº Arzobispo y su Cavildo, y las dos restantes el Sr Obispo y el Cavildo de esta St. Yglesia de Málaga, cuia división se había de ejecutar por las personas que por cada una de las partes se nombrasen y concurriesen. (...) Que en cuanto a el diezmo de los ganados se abía de guardar la costumbre hasta entonces observada, qual era que los vecinos de Vélez, Alfarnate y Alfarnatejo, desmasen a esta Sta Yglesia, y los de Loja y su término a la de Granada. (...) Que para que en todo tiempo no hubiese duda de la parte de Tierras que en las dichas de Alazores tenían pasto común los vecinos de la ciudad de Vélez y referidos dos lugares -Alfarnate y Alfarnatejo- con los de Loja, quedaron declarados sus límites, que eran los comprehendidos en la executoria ganada por la ciudad de Vélez, sobre la propiedad de dicho pasto. (...) Y en esta conformidad quedaron transijidos y acabados los pleitos".
En la primera parte del siglo XVIII llegó a tener en algunos años más de siete sacerdotes residentes en el pueblo, para servicio de los feligreses, según referencias existentes en las actas capitulares de la Catedral.
En cuanto al templo parroquial, tiene planta basilical, con tres naves separadas por arcos de medio punto, y con torre de estilo mudéjar de tres alturas y machón central. La torre es una verdadera obra maestra, de las que hay pocas en nuestra diócesis. Las cubiertas del templo parroquial son de madera, de par y nudillo en la nave central, y de colgadizo en las laterales. Tiene coro elevado a los pies de la nave central, y baptisterio cubierto con falsa bóveda de crucería a los pies de la nave de la epístola. Es digno de mención el cancel, bastante antiguo, tallado en madera de nogal y pino con pilastras y motivos florales.
La iglesia parroquial fue remozada a fondo en 1883, aportando el vecindario el dinero y su trabajo personal. El alma de esta ingente labor fue el entonces párroco D. Manuel Martín y Lorca, hijo
del pueblo. La inauguración tuvo lugar el día 27 de Noviembre de dicho año, en acto solemnísimo en el que se citaron la Corporación Municipal, la Junta de Reparación y el pueblo en pleno, trasladando el Santísimo desde la ermita de la Virgen de Monsalud, que hasta la terminación de las obras sirvió de templo parroquial. Las obras duraron siete años, por el estado ruinoso que presentaba la parroquia. En este acto de reapertura, representó al Sr. Gómez de Salazar, Obispo de Málaga, el Arcipreste Lcdo. D. José María Medina, y acompañaron al Sr. Párroco de Alfarnate los sacerdotes Rvdo. D. Francisco de la Rubia (párroco de Periana), y el Rvdo. D. Antonio de la Chica (coadjutor de La Viñuela). El sermón de circunstancias del Sr. Párroco de Alfarnate, dicen que fue inigualable, tal y como nos cuenta la crónica que a tal efecto se envió al Boletín Eclesiástico Diocesano.
Guardaba este templo de Alfarnate un rico tesoro de tallas, ornamentos y orfebrería. Todo pereció entregado a las llamas en la noche del 21 de julio de 1936, por los integrantes del "Comité Revolucionario" de izquierdas, que desde hacía unos días habían tomado el control del pueblo. Entre ellos había vecinos del pueblo y también forasteros. Entre todos, incendiaron el templo parroquial, robaron todo lo que había en su interior de valor, especialmente el rico tesoro de orfebrería, y destrozaron todo lo relacionado con lo religioso en el pueblo (ermita, via crucis del Santo Cristo, Cruz del Cura, imágenes de hornacinas existentes por las calles, etc). No es justo que actualmente se diga que fue todo "fruto de la casualidad y de lo violento de la situación". Realmente todo fue fruto de una persecución sistemática y muy bien organizada contra la Iglesia y contra todas las personas relacionadas con ella, fuesen o no sacerdotes. Que entre los integrantes del grupo que cometió todos estos atropellos había gente inculta, es verdad; pero no es moralmente correcto ni históricamente verdadero el que se intente justificar el saqueo de nuestra parroquia y las matanzas de aquellos días por el hecho de la incultura de unos cuantos.De hecho, a manos de los mismos enfebrecidos incendiarios (vecinos de Alfarnate, y no de fuera, como a veces se intenta decir) perdió la vida el joven párroco de nuestro pueblo, el Rvdo. D. José Torres Sánchez, muy querido en el pueblo precisamente por su cercanía y atención hacia la gente más humilde y más pobre. Era natural de Archidona, y fue asesinado por el simple hecho de ser sacerdote, tras ser sacado violentamente de la casa de Dña Sofía Pascual y Moreno, donde lo habían ocultado contra su voluntad (en la actual casa número 1 de la "Placetilla"). En los días anteriores al comienzo de la guerra, por su seguridad, varias veces había sido llevado a su Archidona natal, pero él había vuelto en todas esas ocasiones a Alfarnate, por tal de no dejar su parroquia abandonada.
En la quema del 21 de Julio de 1936 sólo se salvaron del rico archivo parroquial los tres libros de Bautismo, los cuales abarcan de 1863 a 1874 (en el cómputo antiguo eran los números 26, 27 y 28). De la misma manera, también pereció en la llamas la antigua imagen de la Virgen de Monsalud, junto con retablos e imágenes y toda clase de objetos de su ermita. Que el conocer la triste historia de todos estos hechos nos sirva a todos para que no se vuelvan a repetir.
En el verano del año 2003 se restauró todo el interior de la torre, con una nueva solería. En 2006 se recuperó el uso del Baptisterio de la parroquia y en 2009 comenzó la última de las obras de remodelación de nuestro templo parroquial: se trata de la construcción de la nueva sacristía, justo detrás del presbiterio. La anterior estaba en pésimas condiciones, y corría peligro de desplomarse su cubierta por causa de las filtraciones de agua de lluvia y el mal estado de las vigas.